Los orígenes de San Clodio do Ribeiro se remontan, según la leyenda, al siglo VI y en 1218 Alfonso IX afirma, en el primer documento regio conservado, que el cenobio es de hidalgos y herederos, confirmando así una fundación altomedieval hecha por patrones laicos de la comarca.
Durante la primera mitad del siglo XII asumiendo la reforma gregoriana se convierte en una casa benedictina y su entrada en el Císter tuvo lugar alrededor de 1451, durante el mandato como abad de fray Xoán de Grixoá, apareciendo por primera vez como cisterciense en una bula confirmatoria de Paulo III expedida en 1467. Esta tardía incorporación explicaría la pertenencia de la iglesia de San Clodio al grupo que sigue las pautas arquitectónicas y artísticas de los templos benedictinos y parroquiales.
San Clodio fue un monasterio de mediana importancia con un dominio centrado fundamentalmente en el Ribeiro de Avia, que le proporciona abundantes rentas relacionadas con las uvas y sobre todo con el vino, producto de gran valor tanto por su consumo directo como por las posibilidades de comercio local e internacional que abría a sus poseedores.
Su posición geográfica y medianas dimensiones hicieron que tuviera que afrontar graves problemas desde la segunda mitad del s. XIII hasta finales de la Edad Media, provocados por los enfrentamientos con el concejo de Ribadavia y con la nobleza laica que ejercen su poder en las inmediaciones del monasterio.
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